| 1998 | Починаючи з 1 липня, існуючі номінальні акції «Байєр АГ» були замінені на акції без фіксованого номіналу. |
| 1999 |  Для відзначення 100-ї річниці торгової марки Аспірин® 6 березня професійні альпіністи накрили колишню висотну будівлю «Байєр», збудовану в Леверкузені, перетворивши її в найбільшу в світі упаковку Аспірину®, за що компанія тричі потрапляла до книги рекордів Гіннесу. |
| 2000 | Придбання бізнесу поліолів компанії «Ліондел Кемікад Компані» («Lyondell Chemical Company») (США) зробило «Байєр» найбільшим в світі виробником сировини для поліуретанів. |
| 2001 | «Байєр» придбав «Авентіс Кроп Сайєнс» («Aventis Crop Science») за €7.25 млрд, що зробило його світовим лідером в галузі захисту рослин. 6 грудня менеджмент компанії оголосив плани щодо створення незалежних дочірніх компаній під управлінням холдингу |
| 2002 | У жовтні починає свою роботу «Bayer CropScience AG» - перший юридично незалежний підрозділ компанії «Байєр». «Bayer CropScience» пропонує широкий спектр продуктів для усіх секторів ринку засобів захисту рослин. |
| 2003 | В лютому Всесвітня Організація охорони здоров'я (ВОЗ) включила ацетилсаліцилову кислоту, діючу речовину Аспірину®, до свого «Переліку необхідних ліків».
У жовтні підрозділи «Bayer Chemicals AG», «Bayer HealthCare AG» и сервісна компанія «Bayer Technology Services GmbH» отримали юридичну самостійність у рамках реорганізації Групи Bayer. У грудні того ж року самостійними компаніями стали підрозділ «Bayer MaterialScience AG» и сервісні компанії «Bayer Business Services GmbH» і «Bayer Industry Services GmbH & Co. OHG». |
| 2004 | В січні всесвітньо відома торгова марка Групи «Байєр» - байєровський хрест - відсвяткував своє сторіччя. |
| 2004 | З червня «Байєр» стає першим партнером в приватному секторі по Програмі ООН по навколишньому середовищу (UNEP) в сфері молоді та навколишнього середовища. «Байєр» надає матеріальну підтримку в розмірі €1 мільйон щорічно для підтримки різноманітних проектів на період три роки. |
| 2005 | В січні «Байєр» завершує придбання безрецептурного бізнесу компанії «Roche», стаючи одним з трьох найбільших світових постачальників безрецептурних препаратів. |
| 2005 | «Lanxess AG» виходить зі складу Групи «Байєр» 28 січня. Ця компанія продовжує хімічний бізнес компанії «Байєр» та частину його полімерного бізнесу. |
| 2006 | В січні «Байєр Інновейшнс» («Bayer Innovation GmbH»), дочірня компанія по розвитку нових сфер бізнесу, придбала біотехнічну компанію «Айкон Дженетікс АГ» (Icon Genetics AG), яка відкрила інноваційні методи розвитку та використання генетично-модифікованих рослин. |
| 2006 | В березні «Байєр» оголошує публічну пропозицію про покупку контрольного пакету акцій компанії «Шерінг АГ» («Schering AG»), Берлін, Німеччина. В грудні «Шерінг АГ» офіційно переіменовано в «Байєр Шерінг Фарма АГ» («Bayer Schering Pharma AG»). |
| 2006 | «Доу Кемікал Компані» («Dow Chemical Company») оголошує про свій намір придбати дочірню компанію «Байєр» - «Вольф Вальфсроде» («Wolff Walsrode»). |
| 2007 | В травні «Байєр» оголосив, що висотна будівля його колишньої штаб-квартири буде перетворена в один з найбільших світових медіа-фасадів. Закінчення робіт очікується в 2009 році. |
| 2008 | У березні підрозділ «Bayer HealthCare» оголосив про підписання договору між власним Підрозділом безрецептурних препаратів (Consumer Care Division) і американською фармацевтичною компанією «Сагмел» («Sagmel Inc.») про купівлю портфеля безрецептурних препаратів і профільних активів компанії «Sagmel Inc.». 3 червня придбання бізнесу успішно завершено. |
